Šikšnosparnių dydis labai įvairus. Kaip jau minėjome, mažiausias sveria vos 3 gramus, didžiausias – virš kilogramo. Lietuvoje mažiausias yra šikšniukas nykštukas, kuris tesveria apie 5 gramus. O stambiausias – rudasis nakviša. Jis užauga iki 36 g masės.

Gyvena šie skrajūnai, palyginus su kitais smulkiais žvėriukais, gana ilgai. Pasaulyje yra tokių, kurie sulaukia apie 30 metų amžiaus. Bet tai pavieniai atvejai. Paprastai jie apsiriboja trumpesniu amžiaus stažu.

Šikšnosparnių kūnas padegtas tankiu, švelniu, neryškių spalvų kailiuku. Sparnus sudaro plona plėvė, ištempta tarp priekinių galūnių pailgėjusių keturių (II-V) pirštų ir kūno šonais besijungianti su užpakalinėmis galūnėmis ir uodega. Laisvi lieka priekinės galūnės pirmas ir užpakalinės galūnės pirštai.  

Snukutis nedidelis, žiotys plačios. Ant vabzdžiaėdžių (Megachiroptera) pobūrio šikšnosparnių nosies būna įvairios formos odos raukšlių ir išaugų. Lietuvoje gyvenančių skrajūnų nosies paviršius lygus.

Labai svarbios šikšnosparniams ausys. Jų svarbiausia funkcija – ultragarso priėmimas. Au sų morfologiniai požymiai svarbūs sistematikai ir taksonomijai.

Kaip ir paukščiams, šikšnosparniams būdingas raktikaulis, prie kurio tvirtinasi sparnus valdantys krūtinės raumenys.

Sistematikai bei taksonomijai svarbūs ir kaukolės sandara, dydis, dantų sistema. Šių gyvūnėlių didelės galvos smegenys, tobuli klausos centrai.

Pasaulyje susiformavus nuomonė, kad šikšnosparniai akli. Tačiau taip tikrai nėra. Šikšnosparniai turi gana dideles ir gerai išsivysčiusias akis. Tik neskiria spalvų. Bet pagalvojus, kam to reikia! Juk naktį net mes blogai jas skiriam.

Šikšnosparnių kūno temperatūra per metus kinta. Aukštesnė būna aktyvumo būsenoje. Gyvūnui ilsintis jo kūno temperatūra priklauso nuo aplinkos temperatūros.