Šikšnosparniai pataruoju metu sparčiai nyksta visoje Europoje. Jiems išsaugoti imtasi įvairių priemonių.  

Sparčiai nykstančios rūšys įrašomos į saugomų gyvūnų rūšių sąrašus, suteikiant joms apsaugos statusą.

Šiuo metu iš Lietuvoje žinomų 15 šikšnosparnių rūšių net 11 yra įtrauktos į Lietuvos Raudonąją knygą. Visos rūšys, išskyrus šikšniuką nykštuką, yra saugomos Europos laukinės gamtos ir gamtinės aplinkos apsaugos konvencijos (Berno konvencija). Dvi – europinis plačiaausis ir kūdrinis pelėausis – įtrauktos į Natura 2000 Tarybos direktyvą dėl natūralių buveinių ir laukinės faunos bei floros apsaugos. 

Tačiau vien sudaryti sąrašus ir suteikti apsaugos statusą neužtenka.Vienas iš būdų padėti šikšnosparniams – apsaugoti slėptuves ir buveines, kuriose jie maitinasi, veisiasi, migruoja ir  žiemoja. Tokiose vietovėse steigiamos saugomos teritorijos.

Kita veiksminga priemonė – žiemavietėse (olose, apleistuose tuneliuose, blindažuose, šachtose) prie įėjimų įrengti grotas. Jos apsaugos šikšnosparnius nuo žmonių lankymosi ir trikdymo.  

Svarbu išsaugoti ir natūralias slėptuves - miškuose, parkuose nekirsti senų, drevėtų medžių.  Buveinėse, kuriose trūksta natūralių slėptuvių, keliami inkilai – dirbtinės slėptuvės. Tai viena iš veiksmingiausių šikšnosparnių globos priemonių.   

Kaip itin veiksmingą  priemonę galima įvardinti ir švietimą. Žmonės vis dar tiki mitais apie vampyrus, jų puldinėjimus miego metu. Tiki, kad šikšnosparniai perneša pasiutligę. Iš senovės atkeliavę prietarai, kad šie naktiniai gyvūnai – blogio nešėjai. Daugelis tuo tiki, nors dažnas nebūna net matęs gyvo šikšnosparnio. Priežastį šiems mitams atsirasti iš dalies sukėlė šių gyvūnų gyvenimo  būdas.