Tyrimai atliekami norint daugiau sužinoti apie šikšnosparnių gyvenimo būdą, paplitimą tam tikrame regione arba visame žemyne, jų gausą, rūšinę sudėtį bei nykimo priežastis.

Šiuo metu plačiai naudojami detektoriai. Jie leidžia išgirsti paprastai žmogui negirdimus šikšnosparnių skleidžiamus garsus. Detektorių pagalba pagal garsus galima identifikuoti šikšnosparnių rūšis, negaudant pačių žvėrelių, taip pat aptikti vietas, kur pasislėpę šikšnosparniai. Slėptuvėse jie bendrauja tarpusavyje ir žmogaus ausiai girdimais garsais (įvairiai cypsėdami), ir skleisdami ultragarsinius signalus. Vienos šikšnosparnių rūšys orientuojasi skleisdamo labai stiprius ultragarsinius signalus. Tokius žvėrelių signalus, naudojantis ultragarsiniais detektoriais, galima aptikti skraidančius ar besislepiančius šikšnosparnius už 50-60  metrų. Kai kurių šikšnosparnių, kaip rudojo ausyliaus, ultragarsinis signalas yra labai silpnas ir jį galima detektoriumi užfiksuoti tik tuomet, kai žvėrelis nuo tyrėjo būna ne toliau kaip 5-6 metrai, pvz., skraido apie medžio lają ir nuo lapų renka vabzdžius.

Šikšnosparnių skleidžiami ultragarsiniai signalai gali skirtis priklausomai nuo vietovės. Atskiros rūšys skleidžia signalus, kurių bangų diapazonas yra platus. Todėl tiksliai pasakyti, kokia tai rūšis, galima tik tada, kai tam tikra rūšis būna ne pirmą kartą stebima toje teritorijoje arba išanalizavus įrašytus signalus specialiomis kompiuterinėmis programomis.

 Signalų dažniai taip pat skiriasi, kai, pavyzdžiui, šikšnosparnis aptinka grobį, ir kai ramiai skraido jo ieškodamas. Kai šikšnosparnis artinasi prie grobio, skleidžiamų signalų daugėja, atstumas tarp jų mažėja ir garsas perauga į tarškėjimą.  Komunikacijai su kitais individais naudojamas taip pat savitas garsų diapazonas.

Šikšnosparniai, kurie lieka žiemoti Lietuvoje, žiemos metu apsistoja jiems tinkamose žiemavietėse – rūsiuose, požemiuose, tuneliuose.

 Žiemaviečių tikrinimas - puikus metodas norint ištirti, kokie šikšnosparniai žiemoja mūsų krašte, kur jie renkasi, kokios palankios žiemojimo sąlygos yra vienai ar kitai rūšiai. Pasitelkus šį metodą lengva atlikti apskaitas. Beje, eilę metų tikrinant tas pačias žiemavietes (vykdant monitoringą), galima sužinoti apie populiacijų būklę – jų gausumą, dinamiką. Taip pat apie rūšinę sudėtį. Kai kur literatūroje teigiama, kad galima sužinoti ir apie aplinkinių rajonų rūšinę sudėtį. Tačiau tokie duomenys negali būti visiškai patikimi, nes dalis šikšnosparnių atskrenda iš šiauresnių regionų. Šikšnosparniai žiemos metu  į kolonijas susirenka iš įvairių vietovių.

Šio metodo trūkumas - žvėrelių trikdymas miego metu, kai jie būna ypač pažeidžiami.

Šikšnosparniai žiemoja tokiose patalpose, kur temperatūra būna nuo 1º iki 7-8º C. Taigi ir žvėrelių kūno temperatūra būna tokia pat. Prie tokios kūno temperatūros žvėrelis beveik negali pajudėti.  Kad žvėrelis būtų pajėgus skristi, jo kūnas turi išilti iki 30-37 laipsnių. Tokiai kūno temperatūrai pasiekti, žvėrelis sunaudoja daug energijos, kurios jam užtektų esant ramybės būsenoje (esant kūno 1-5º C temperatūrai) apie 1,5 mėn. Taigi žiemojimo metu (žiemojimas kartais tęsiasi 6-7 mėn) keletas dar papildomų, priverstinių prabudimų gali būti žvėreliui pražūtingi.

Todėl tikrinti žiemavietes reikėtų itin atsargiai - ilgai nešviesti į šikšnosparnius, jų nežadinti, neimti į rankas, netriukšmauti, nes žvėreliai net įmigę jaučia triukšmą.

Prie įėjimų į dideles slėptuves, žiemavietes statomos šviesinės gaudyklės. Tai 24x70 cm sienelė, sudaryta iš vertikalių siūlų. Į juos atsitrenkęs šikšnosparnis nukrenta į dėžutę. Prie gaudyklės statoma lempa. Šis metodas naudojamas duomenims apie individų skaičių, rūšinę sudėtį rinkti.

(Nuotrauka iš http://zmmu.msu.ru/)