Lietuvoje gyvena tik vabzdžiaėdžių (Microchiroptera) pobūrio atstovai. Aptiktos 15 rūšių, dar dvi ieškotinos – tai didysis pelėausis (Myotis myotis Borkhausen) ir pilkasis ausylis (Plecotus austriacus Fischer). Penkioliktoji (ūsuotasis pelėausis) buvo aptikta tik vieną kartą - Biržų krašte, karstinėje įgriuvoje - “Karvės oloje”.

Lietuvoje gyvenančios šikšnospranių rūšys:

Kūdrinis  pelėausis
Vandeninis pelėausis
Branto pelėausis
Natererio pelėausis
Ūsuotasis pelėausis
Europinis plačiaausis
Rudasis ausylis
Vėlyvasis šikšnys
Šiaurinis šikšnys
Šikšniukas nykštukas
Natuzijaus šikšniukas
Sopraninis šikšniukas
Rudasis nakviša
Mažasis nakviša
Dvispalvis plikšnys

Lietuvoje ieškotinos šikšnosparnių rūšys:

Didysis pelėausis
Pilkasis ausylis